Ο Γιάννης Κουμπουρλής γεννήθηκε στην Αθήνα το 1970. Σπούδασε Κοινωνιολογία στο Πάντειο Πανεπιστήμιο (1988-1992). Συνέχισε τις σπουδές του στην École des Hautes Études en Sciences Sociales στο Παρίσι, από την οποία τού απονεμήθηκε ο μεταπτυχιακός (1993) καθώς και ο διδακτορικός τίτλος (2000).

Έχει διατελέσει Ερευνητής στο Ινστιτούτο Νεοελληνικών Ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών και έχει διδάξει στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου καθώς και στο μεταπτυχιακό πρόγραμμα «Πολιτική Επιστήμη και Ιστορία» του Παντείου Πανεπιστημίου. Από το 2010 έως το 2024 υπηρέτησε ως μέλος ΔΕΠ στο γνωστικό αντικείμενο της «Ιστορικής Κοινωνιολογίας της Νεότερης Ελληνικής Κοινωνίας» στο Τμήμα Κοινωνιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης, ενώ από το 2024 είναι Αναπληρωτής Καθηγητής Πολιτικής και Ιστορικής Κοινωνιολογίας στο Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης του Πανεπιστημίου Κρήτης. Έχει επίσης διατελέσει Προσκεκλημένος Καθηγητής στην EHESS στο Παρίσι.

Από τις Εκδόσεις του Ινστιτούτου Ιστορικών Ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών έχουν εκδοθεί τα βιβλία του La formation de l’histoire nationale grecque. L’apport de Spyridon Zambélios (1815-1881) (Αθήνα 2005), και, Οι ιστοριογραφικές οφειλές των Σπ. Ζαμπέλιου και Κ. Παπαρρηγόπουλου. Η συμβολή Ελλήνων και ξένων λογίων στη διαμόρφωση του τρισήμου σχήματος του ελληνικού ιστορισμού (1782-1846) (Αθήνα 2012). Έχει επίσης επιμεληθεί και προλογίσει, σε συνεργασία με τον Νίκο Βαφέα, δύο βιβλία που αφορούν στο ερευνητικό πεδίο της Ιστορικής Κοινωνιολογίας, τη συλλογή επιστημολογικών κειμένων με τίτλο Ιστορική κοινωνιολογία. Αντικείμενο και μέθοδος (Ίδρυμα Σάκη Καράγιωργα & εκδ. Σαββάλας, Αθήνα 2014) και την ελληνική έκδοση του έργου του Richard Lachmann Τι είναι η Ιστορική Κοινωνιολογία; (εκδ. Αλεξάνδρεια, Αθήνα 2018), καθώς και το βιβλίο του Tom Bottomore Πολιτική Κοινωνιολογία (εκδ. Πεδίο, Αθήνα 2023).