Ο Νίκος Βαφέας γεννήθηκε στην Αθήνα το 1970. Σπούδασε Κοινωνιολογία στο Πάντειο Πανεπιστήμιο και στη συνέχεια ακολούθησε μεταπτυχιακές σπουδές Ιστορίας στην Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales στο Παρίσι. Έλαβε το διδακτορικό του δίπλωμα από το Ευρωπαϊκό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο της Φλωρεντίας το 1998. Σήμερα είναι Καθηγητής στο Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης του Πανεπιστημίου Κρήτης, όπου διδάσκει Ιστορική και Πολιτική Κοινωνιολογία. Έχει υπηρετήσει ως προσκεκλημένος ερευνητής στη Σχολή Ανωτάτων Σπουδών στις Κοινωνικές Επιστήμες (EHESS) στο Παρίσι (2008) και στο Ευρωπαϊκό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο (EUI) της Φλωρεντίας (2012). Έχει επίσης διατελέσει Αντιπρόεδρος Ακαδημαϊκών Θεμάτων και Διεθνών Σχέσεων του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου, Διευθυντής του Τομέα Θεωρίας και Μεθοδολογίας των Κοινωνικών Επιστημών του Τμήματος Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Κρήτης, καθώς και μέλος του ΔΣ, Πρόεδρος και Γραμματέας του σωματείου «Οι Φίλοι των Αρχείων Σύγχρονης Κοινωνικής Ιστορίας (ΑΣΚΙ)». Από τον Αύγουστο του 2023 διευθύνει το εργαστήριο με τίτλο: «Κέντρο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων (ΚΕ.Α.ΔΙΚ.)» του Τμήματος Πολιτικής Επιστήμης του Πανεπιστημίου Κρήτης.